Первоначальный проект колокольни, разработанный придворным архитектором И. Шумахером, представлял трехъярусную композицию. Строительство было поручено московскому архитектору И. Ф. Мичурину. В процессе строительства стало очевидно, что запроектированная высота колокольни недостаточна. В 1753 году был утвержден новый проект ученика Мичурина Д. В. Ухтомского, по которому колокольня получила еще два яруса. Она выстроена из кирпича и оштукатурена, детали - картуши, вазы, колонны - выполнены из белого камня.

На ярусах колокольни были повешены 42 колокола, самый большой из которых был отлит в Лавре и весил 4 тысячи пудов.

Вместе с куполом и крестом высота колокольни составила более 88 метров. (Колокольня Ново-Девичьего монастыря имеет высоту 72 метра, колокольня Ивана Великого - 81 метр.)

Новый кирпичный царский дворец - Чертоги был построен вдоль северной крепостной стены сразу же после Трапезной и, очевидно, теми же мастерами. Своими размерами, богатством декора, двумя широкими парадными лестницами по фасаду (они не сохранились) Чертоги напоминали Трапезную. Фасады здания расписаны "в шахмат". Окна второго этажа украшены изразцовыми наличниками.

В 1814 году в связи с размещением в Чертогах Духовной академии начались перестройки. Были сломаны наружная галерея и парадные лестницы. В 1896 году часть палат была переделана под церковь.

Церковь сооружена на средства "именитых людей" Строгановых и носит характерные черты "строгановских построек" с их сложной деталировкой и свободно трактуемыми классическими формами. Нижний объем церкви прорезан аркой ворот. По обеим сторонам арки размещены лестницы, ведущие на верхнюю площадку, где установлен четверик храма, окруженный гульбищем.

Нарядное здание Трапезной поднято на высокий подклетный этаж, в многочисленных помещениях которого размещались кухня, хлебня, кладовые для съестных припасов, столовая для паломников. Открытая галерея-гульбище окружает здание, отличающееся исключительным богатством декоративного убранства. Фасады раскрашены в "шахмат" яркими красками. Большие окна обрамлены витыми белокаменными колонками с резьбой.

Огромный светлый зал Трапезной, перекрытый сводом без промежуточных опор, предназначался для торжественных приемов и в конце XVII века был самым большим помещением на Руси. Его площадь составляет 510 квадратных метров.

Монашеская братия обедала в Малой трапезной, примыкавшей к основному зданию с юга. С Востока к Трапезной примыкает двухэтажная Сергиевская церковь, второй этаж которой использовался прежде для хранения монастырских рукописей.

Был воздвигнут по велению Ивана Грозного. Он повторяет формы Успенского собора Московского Кремля, ставшего символом государственной власти, монументален и строг. Узкие высокие окна, расположенные двумя рядами, подчеркивают внушительную толщину стен.

Рядом с Успенским собором, у его северо-западного угла, пристроилось небольшое сооружение с четырехскатной кровлей - усыпальница, где захоронены царь Борис Годунов, его жена Мария, сын Федор и дочь Ксения.