История йоги уходит своими корнями в доисторические времена. На нескольких печатях, найденных в долине реки Инд и относящихся к периоду Индской цивилизации (3300-1700 года до н. э.) изображены фигуры в медитативных или йогических позах.

Эти археологические находки указывают на возможность того, что население Хараппской цивилизации практиковало одну из древних форм йоги или родственный ей ритуал. Понятие йоги впервые упоминается в древнейшем памятнике индийской литературы «Риг-веде». Считается, что йога развилась из аскетических практик (тапаса) ведической религии, которые упоминаются в ранних комментариях к Ведам Брахманах (датируемых периодом с X по VI века до н. э.). В Брахманах, в частности, в «Шатапатха-брахмане», присутствуют идеи единения ума, тела и души с Абсолютом. В Упанишадах, наиболее раннее упоминание йоги и медитации можно обнаружить в «Брихадараньяка-упанишаде», — одной из древнейших Упанишад, датируемой учёными X — IX веком до н. э.

Основным источником, в котором отражено развитие концепции йоги, являются так называемые «средние» Упанишады (датируемые VI веком до н. э.), «Махабхарата» и «Бхагавад-гита», а также «Йога-сутры» Патанджали (II век до н. э.). В «Йога-сутрах» йога впервые была изложена как одна из школ («даршан») индуистской философии. Эта ранняя школа йоги ретроспективно получила известность под ретронимом раджа-йога с целью отличить её от других, более поздних школ.

На нескольких печатях, обнаруженных при раскопках в долине реки Инд и датируемых периодом с 3300 по 1700 год до н. э., были найдены изображения людей в медитативных и йогических позах, занимающихся «одним из видов ритуальной практики, возможно древней формой йоги». Из всех артефактов Хараппской культуры, археолог Грегори Поссель выделяет 16 специфических фигурок в йогических позах.

По мнению учёного, они свидетельствуют о том, что обитатели Хараппской цивилизации занимались ритуальными практиками йоги и медитации. При этом, были найдены изображения в йогических позах не только людей, но и божеств. Исследователь и профессор Эгберт Рихтер Ушанас указывает на связь хараппских артефактов с Ведами, в частности с «Риг-ведой» и «Атхарва-ведой». 
Наиболее известным из хараппских йогических изображений является «печать Пашупати» обнаруженная британским археологом Джоном Маршаллом, который полагал, что на ней изображена одна из древних форм Шивы.

Некоторые учёные, однако, сомневаются, что изображённый на печати «Пашупати» («Господь животных»)представляет фигуру Шивы или Рудры. К ним принадлежит британский индолог Гэвин Флад, называющий подобные предположения «спекулятивными». К известным сторонникам идеи Пашупати как йогической фигуры принадлежит археолог Джонатан Марк Кенойер, в настоящее время занимающий должность зам. директора Хараппского археологического исследовательского проекта в Пакистане и индолог Генрих Циммер.